Το νησί της Κύθνου χαρακτηρίζεται από την πληθώρα εκκλησιών και από ξωκλήσια που βρίσκονται διάσπαρτα στο ημιορεινό ανάγλυφό της, δίπλα στις παραλίες, πάνω σε βράχους και κάβους, με πολλά από αυτά να είναι αφιερωμένα στην Παναγία. Η εκκλησία της Παναγιάς Κανάλας που βρίσκεται στον ομώνυμο οικισμό, αποτελεί έναν από τους σημαντικούς χώρους προσκυνήματος καθώς εκεί φυλάσσεται και προσκυνείται η θαυματουργή εικόνα της Παναγιάς Κανάλας, που είναι και η προστάτιδα του νησιού.
Στο τραγούδι "Κυκλαδίτικο" με στίχους του ποιητή Νίκου Γκάτσου που έχει μελοποιηθεί από τον Μάνο Χατζηδάκι γίνεται αναφορά στην Παναγιά Κανάλα.
να μεγαλώσεις γρήγορα σαν τα κορίτσια τ άλλα.
Και τ’ Αϊ Λιός ανήμερα στη Νάξο και στην Πάρο
να δώσει η Καλαμιώτισσα γυναίκα να σε πάρω.»
Η εκκλησία είναι χτισμένη στο οικισμό της Κανάλας στο άκρο της πευκόφυτης μικρής χερσονήσου του νησιού. Ο αρχικός ναός ήταν μικρός και χωματοσκεπής, κάποια στιγμή είχε μετατραπεί και σε μοναστήρι σύμφωνα με έγγραφα που έχουν ανευρεθεί και βρίσκονται στο Μουσείο Μπενάκη. Ο ναός που υπάρχει σήμερα οικοδομήθηκε το 1869 μετά από την κατεδάφιση του ναού που προϋπήρχε. Στο ναό φυλάσσεται η εικόνα της Παναγιάς Κανάλας της Βρεφοκρατούσας, που λέγεται ότι είναι έργο του Απόστολου Λουκά, φαίνεται όμως ότι είναι έργο του αγιογράφου της Κρητικής Σχολής του ιερέα Εμμανουήλ Σκορδίλη (1575). Πρόκειται για μια μεγάλη εικόνα διαστάσεων (1,00 x 0,80) η οποία εικονίζει την ήρεμη και γλυκιά μορφή της Παναγίας να κρατά στην αγκαλιά της το θείο βρέφος.
Σύμφωνα με την παράδοση η θαυματουργή εικόνα της Παναγιάς Κανάλας βρέθηκε στο στενό κανάλι μεταξύ Κύθνου και Σέριφου από Κύθνιους ψαράδες. Λέγεται ότι οι ψαράδες εκείνη τη νύχτα είχαν μια ανέλπιστα καλή ψαριά, η βάρκα τους έγερνε από τη σοδειά χωρίς να είχαν τραβήξει ακόμα όλα τα παραγάδια. Η ψαριά από τα παραγάδια που συνέχιζαν να τραβούν γινόταν ακόμα καλύτερη, θαύμα έλεγαν αναμεταξύ τους και σταυροκoπιόταν. Πλησιάζοντας προς τα βράχια αντίκρισαν ένα φως να παιχνιδίζει και να ξεπηδά μέσα από τη θάλασσα, φοβήθηκαν και κίνησαν να φύγουν όταν φως έγινε σταθερό και λαμπερό και κείνοι ενώ αρχικά δείλιασαν μετά με θάρρος πλησίασαν και έμειναν αποσβολωμένοι βλέποντας το φως και ένα αναδυόμενο κομμάτι ξύλου. Τότε τόλμησαν και το τράβηξαν και αντίκρισαν την Παναγία ήρεμη να εικονίζεται πάνω στο ξύλο. Ασπάστηκαν την εικόνα με δέος και κίνησαν για τη στεριά με την πλούσια ψαριά τους.
Όταν έφτασαν στο χωριό στη Δρυοπίδα διηγούμενοι την ιστορία τους, όλοι άρχισαν να προσκυνούν και να δοξολογούν και ορκίστηκαν να χτίσουν μια εκκλησία για τη χάρη της Παναγίας. Πράγματι ξεκίνησαν τις εργασίες για το χτίσιμο της εκκλησίας αλλά παρουσιάστηκε η Παναγία στο όνειρο των ψαράδων και υπέδειξε τη θέση για το χτίσιμο της εκκλησιάς, εκεί που βρίσκεται μέχρι τις μέρες μας.
Κάθε 15 Αυγούστου γιορτάζεται η Παναγιά Κανάλα με τιμές με τη συμμετοχή και του ναυτικού, γίνεται περιφορά της εικόνας καθώς και αναπαράσταση της εύρεσής της. Η εικόνα είναι θαυματουργή καθώς πολλοί πιστοί που έχουν επικαλεστεί τη βοήθεια της Παναγιάς και τη μεσιτεία της στον Κύριο έχουν βοηθηθεί.
Η θαυματουργή εικόνα έχει μεταφερθεί και σε εκκλησίες πέραν του νησιού για να προσκυνηθεί από τους πιστούς και τιμάται με δοξολογίες και λιτανείες.
