Μετά την Άλωση της Κωνσταντινούπολης από τους Σταυροφόρους, το 1204, το Μοναστήρι τέθηκε υπό το Δεσποτάτο της Ηπείρου (1204-1359) και παρέμεινε εντεταγμένο σε αυτό για όσο το Δεσποτάτο υπήρχε (δηλαδή ως το 1359, οπότε και ενσωματώθηκε ξανά στη Βυζαντινή Αυτοκρατορία).
Tην αποκαλούν και «Αγία Λαύρα της Ρούμελης».Η Ιερά Μονή Παναγίας Βαρνάκοβας,(είναι αφιερωμένη στην Κοίμηση της Θεοτόκου), είναι ένα από τα ιστορικότερα Μοναστήρια της Ελλάδας. Ιδρύθηκε κατά τη μεσοβυζαντινή περίοδο, το έτος 1077, από τον Όσιο Αρσένιο τον Βαρνακοβίτη . Η Μονή βρίσκεται στο νοτιοδυτικό άκρο του νομού Φωκίδας, στο Δήμο Ευπαλίου, 25 περίπου χιλιόμετρα βορειοανατολικά της Ναυπάκτου, στον παλαιό δρόμο του Λιδωρικίου. Είναι κτισμένη πάνω σε έναν μικρό λόφο στις παρυφές των Βαρδουσίων Ορέων και σε υψόμετρο 750 περίπου μέτρων με θέα προς την ορεινή Ναυπακτία, τη Δωρίδα, το Όρος Γκιώνα και τον ποταμό Μόρνο.
Για την επωνυμία «Βαρνάκοβα» (ή «Βερνίκοβα», ή «Βερνίκωβα») υπάρχουν διάφορες ερμηνείες. Κατά μία εκδοχή, το όνομα προέρχεται από σλαβικό τοπωνύμιο του 10ου αιώνα. Κατά μία άλλη, η εικόνα τής Παναγίας μεταφέρθηκε εδώ από την πόλη Βάρνα της Βουλγαρίας.
Σύμφωνα με την κτητορική επιγραφή, η οποία βρίσκεται στο εσωτερικό του καθολικού, η Μονή ιδρύθηκε το 1077, επί αυτοκράτορος Μιχαήλ Ζ’ Δούκα (1071-1078) και επι εποχής του Οικουμενικού Πατριάρχου Κοσμά Α’ Ιεροσολυμίτου (1075-1081). Ιδρυτής της ήταν ο Όσιος Αρσένιος Βαρνακοβίτης, μοναχός καταγόμενος από την Καρυά Δωρίδας, ο οποίος αφιέρωσε τον πρώτο ναό στο Γενέθλιο της Θεοτόκου. Παράλληλα όμως εορταζόταν και η Κοίμηση της Θεοτόκου, η οποία τελικά επεκράτησε ως κυρία εορτή της Μονής.
Επί αυτοκρατορίας Αλεξίου Α’ Κομνηνού (1081-1118) και Οικουμενικού Πατριάρχου Νικολάου Γ’ Κυρδινιάτη (Γραμματικού) (1084-1111), συμπληρώθηκε και αγιογραφήθηκε ο αρχικός ναός (το 1084 ,ενώ το 1148 ολοκληρώθηκε η κατασκευή του μοναστικού συγκροτήματος, και ιδρύθηκε και δεύτερος μεγαλοπρεπέστερος ναός. Ο ίδιος ο Αλέξιος Κομνηνός ακολούθησε τον μοναχισμό , έλαβε το όνομα Ακάκιος και μετά τον θανατό του ετάφη μέσα στον Ναό της Παναγίας. Στον ίδιο Ναό ετάφη και ο Εμμανουήλ Πορφυρογέννητος, που είχε διαδεχθεί τον Ιωάννη Ανδρόνικο και αυτός τον Αλέξιο Κομνηνό στο θρόνο.
Στη Μονή βρέθηκε επιγραφή σε πέτρινη λάρνακα που αναφέρει τα ονόματα «Σεβαστοκράτωρ Άννα και Κωνσταντίνος» (Κομνηνοί). Την περίοδο εκείνη η Μονή κατέχει αρκετά μετόχια στην γύρω περιοχή, με μερικά από αυτά να προέρχονται από αφιερώσεις των Κομνηνών, γεγονός που μαρτυρεί την ακτινοβολία της. Στις αρχές του 13ου αιώνα, όπως αναφέρεται στο κτητορικό της Μονής για το έτος 1212, ζούσαν στη Βαρνάκοβα 96 ιερομόναχοι και διάκονοι, ενώ η περιουσία του Μοναστηριού ήταν μεγάλη, ανάλογη του κύρους του.
Μετά την Άλωση της Κωνσταντινούπολης από τους Σταυροφόρους, το 1204, το Μοναστήρι τέθηκε υπό το Δεσποτάτο της Ηπείρου (1204-1359) και παρέμεινε εντεταγμένο σε αυτό για όσο το Δεσποτάτο υπήρχε (δηλαδή ως το 1359, οπότε και ενσωματώθηκε ξανά στη Βυζαντινή Αυτοκρατορία).
Οι Κομνηνοί, άρχοντες του Δεσποτάτου, είχαν τόσο σεβασμό στην Παναγία τη Βαρνάκοβα, ώστε μερικοί εξ αυτών επέλεξαν το καθολικό της Μονής ως τόπο ενταφιασμού τους.
Το 1919, ο αρχαιολόγος Αναστάσιος Ορλάνδος ανακάλυψε τους τάφους τους κάτω από το δάπεδο του εσωνάρθηκα, ενώ σώζονται μέχρι σήμερα στη Μονή οι επιτύμβιες πλάκες.
Ανάλογη με τους Κομνηνούς εύνοια προς το Μοναστήρι λέγεται πως επέδειξαν και οι τελευταίοι αυτοκράτορες του Βυζαντίου, οι Παλαιολόγοι.
Μετά το τέλος της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας, προς τα τέλη του 15ου αιώνα, η παράδοση θέλει τη Μονή να πυρπολείται μερικώς και κατόπιν να γνωρίζει παρακμή. Η Βαρνάκοβα, πάντως, επανέρχεται στην Ιστορία λίγα χρόνια αργότερα, το 1520, όταν ηγούμενός της αναλαμβάνει ο Όσιος Δαυίδ (1520-1532). Η Μονή γνωρίζει τότε σημαντική ακμή: υπάρχουν μαρτυρίες πως οι μοναχοί ενδιαφέρονται για την οργάνωση βιβλιοθήκης ενώ εκεί λειτουργεί, από τις αρχές του 16ου αιώνα (πριν από το 1550), με κεντρική μορφή το μοναχό διδάσκαλο Νικόδημο Καβάσιλα (περίπου 1595-1652) και ως το 1900, περίφημο σχολείο Ελληνικών σε επίπεδο Σχολαρχείου. Στα 1578 η μονή αριθμεί περίπου 200 μοναχούς, όπως μας πληροφορεί ο πρωτονοτάριος του Πατριαρχείου Θεοδόσιος Ζυγομαλάς.
Την περίοδο της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας άρχισε η αντίστροφη μέτρηση καθώς οι Τούρκοι κλέβουν την περιουσία του Μοναστηριού, το οποίο μετά λεηλατείται στα πλαίσια διενέξεων Τούρκων και Βένετων (1687-1699). Σε μια περίοδο διαδοχικών εχθροπραξιών, η Βαρνάκοβα κατορθώνει να συντηρείται χάρη αφ’ ενός στη χρήση διπλωματίας του τότε ηγουμένου Ιακώβου, αφ’ ετέρου στις καλές σχέσεις της με τους Βένετους, οι οποίοι κατείχαν ακόμη τη Ναύπακτο, κοντά στην οποία ανήκαν τα περισσότερα κτήματά της.
Στην περίοδο της Τουρκοκρατίας, η Μονή διαδραμάτισε καθοριστικό ρόλο ως εθνικό και πατριωτικό κέντρο. Υπήρξε κρησφύγετο-ορμητήριο πολλών Κλεφτών και Αρματωλών της γύρω περιοχής (όπως οι Δήμος Σκαλτσάς ή Σκαλτσοδήμος, Κωνσταντάρας ή Ζαχαριάς, Καλύβας), ενώ δεν ήταν λίγες οι περιπτώσεις που ενεπλάκη σε ένοπλη αντιπαράθεση με τους Τούρκους, λόγω της φιλοξενίας κυνηγημένων Ελλήνων οπλαρχηγών. Σε διάφορες μάχες της περιοχής την περίοδο της Επανάστασης του 1821 έλαβε σημαντικό ρόλο και ο μοναχός της μονής Παρθένιος Ζωγράφος, επικαλούμενος για τη δράση του και «Παπαφλέσσας της Δωρίδας».
Κατά το έκτο έτος της επανάστασης (1826), λίγες εβδομάδες μετά την Έξοδο του Μεσολογγίου, δύναμη 4.000 ανδρών του Κιουταχή, προελαύνοντας προς τα ανατολικά, πολιορκεί την Βαρνάκοβα, όπου φιλοξενούνταν και Έλληνες που είχαν διαφύγει κατά την Έξοδο. Ηγούμενος είναι τότε ο Κοσμάς Θεοχάρης. Μαζί με τους μοναχούς και τα γυναικόπαιδα, μέσα στο μοναστήρι βρίσκονται αρκετοί οπλαρχηγοί της περιοχής όπως ο Κίτσος Τζαβέλας). Η πολιορκία κρατάει ημέρες, ωστόσο οι Τούρκοι δεν κατάφεραν να καταλάβουν το μοναστήρι. Ύστερα από επανειλημμένες προσπάθειες αποφάσισαν να σκάψουν υπόγεια, κάτω από τη Μονή, με σκοπό να την ανατινάξουν. Το μυστικό τους προδίδεται, όμως, στους μοναχούς από έναν Αλβανό και στις 26 Μαΐου αποφασίζεται έξοδος, η οποία και πραγματοποιείται, με απώλεια δύο μοναχών και ενός λαϊκού. Η Βαρνάκοβα, έπειτα, ανατινάχτηκε από τους Τούρκους, και ξαναχτίστηκε μετά από πέντε χρόνια, το 1831, με (μάλλον προσωπική) επιχορήγηση 1.800 φοινίκων από τον Ιωάννη Καποδίστρια, ο οποίος θεωρείται δεύτερος κτήτωρ της Μονής.
Με τη σύσταση του νεοελληνικού κράτους, το Μοναστήρι λειτούργησε ξανά.Είχε χάσει όμως το μεγαλύτερο μέρος της περιουσίας του.. Το 1984 η Μονή ερήμωσε αλλά από το 1992 επαναλειτουργεί από γυναίκες μοναχές
Την Κυριακή 29 Ιανουαρίου 2017, από μεγάλη πυρκαγιά που ξέσπασε και εξαπλώθηκε ραγδαία εντός διώρου, πολλά κτήρια του Μοναστηριού (πλην του παλαιού και του νέου ναού) υπέστησαν μεγάλη καταστροφή, ενώ απωλέσθηκε το αρχείο τής Μονής, μαζί με πολλά ιστορικά κειμήλια. Από την κτίση της μέχρι και σήμερα, αποδίδονται στην Παναγία Βαρνάκοβα πλήθος θαυμάτων. Μερικά από αυτά καταγράφονται στα βιβλία που εκδίδει η ίδια η Μονή. Το Μοναστήρι είναι γνωστό σε όλη την Ελλάδα, την Κύπρο, την Ομογένεια, καθώς και σε αρκετές Ορθόδοξες κοινότητες άλλων χωρών[12].
Ο πρώτος ναός
Ο αρχικός ναός ξεκίνησε να δημιουργείται το 1077, συμπληρώθηκε δε και αγιογραφήθηκε το 1084. Το 1148 δημιουργείται ένας δεύτερος, μεγαλύτερος ναός, είτε με εκ βάθρων ανέγερση είτε επεκτείνοντας τον πρώτο ναό. Ο νέος αυτός ναός ήταν αρχιτεκτονικού τύπου βασιλικής με τρούλο, με τρία ζεύγη κιόνων σε δύο σειρές, που χώριζαν το εσωτερικό του σε τρία κλίτη. Στην τελική του μορφή, το καθολικό της μονής αποτελούταν από έναν εξωτερικό νάρθηκα (εξωνάρθηκας), έναν εσωτερικό νάρθηκα (εσωνάρθηκας) και τον κυρίως ναό, που ήταν και το παλαιότερο μέρος του αρχιτεκτονικού συνόλου. Ο εσωνάρθηκας ανεγέρθη εκ βάθρων το 1151 ενώ ο εξωνάρθηκας το 1229, όπως δηλώνεται σε χρονικό σημείωμα του 1690, ένα από τα πολλά έγγραφα που διασώθηκαν στον θησαυρό της μονής. Το δάπεδο του ναού ήταν διακοσμημένο με μαρμαροθετήματα. Ο ναός αυτός πυρπολήθηκε το 1700 (ίσως, μάλιστα, να είχε προηγηθεί μια παρόμοια πυρκαγιά και το δεύτερο μισό του 15ου αιώνα), ανακαινίσθηκε το 1805 και τελικά ανατινάχθηκε στις 26 Μαΐου 1826, κατά την τελική φάση της πολιορκίας της Μονής.
Ο σημερινός ναός
Ο σημερινός ναός κατασκευάστηκε το 1831. Όπως και ο παλαιός, είναι τρίκλιτος βασιλική με τρούλο. Μαζί με τον ναό κτίστηκε και το νέο κωδωνοστάσιο, σε σχέδιο του Ανδρέα Γάσπαρη Κάλανδρου, υπεύθυνου της ανακατασκευής, ο οποίος ήταν επηρεασμένος από την επτανησιώτικη αρχιτεκτονική.
