Επειδή όμως η πνευματική του πορεία συναντούσε εμπόδια από τον έπαινο των ανθρώπων, εγκατέλειψε κρυφά το αγαπημένο του ασκητήριο και αναχώρησε για την Κωνσταντινούπολη. Εκεί βρήκε νέο τόπο ψυχικής αναπαύσεως, για να συνεχίσει απρόσκοπτα την πνευματική του εργασία. Ωστόσο συνδέθηκε πνευματικά με δύο θεόφρονες ασκητές, τον Βάρα και τον Ραβουλα, και όλοι μαζί αποφάσισαν να εγκατασταθούν έξω από τα τείχη της πρωτεύουσας με κοινό πρόγραμμα προσευχής και ασκήσεως άλλα διαφορετικό τόπο διαμονής. Ο όσιος Πατάπιος διάλεξε την βόρεια περιοχή κοντά στις Βλαχέρνες. Ο όσιος Ραβουλας στάθηκε κοντά στην πύλη του Ρωμανού, ενώ ο όσιος Βάρας έκτισε την Μονή του Τιμίου Προδρόμου της Πέτρας στο μέσο της διαδρομής των ασκητηρίων των δύο φίλων του.
Με τον καιρό ο Όσιος Πατάπιος έγινε γνωστός στην βυζαντινή κοινωνία με αποτέλεσμα να συναχθεί γύρω του πλήθος μοναχών. Γι’ αυτό τον λόγο ανήγειρε την Μονή του Τιμίου Προδρόμου των Αιγυπτίων, της οποίας ήταν όχι μόνο ο κτίτορας αλλά και ο απλανής οδηγός. Οι αρετές και τα χαρίσματά του έκαναν πλήθος κόσμου να καταφεύγει στην Μονή για ευχή, συμβουλή και ψυχοσωματική θεραπεία. Στην Μονή αυτή ο Όσιος -πλήρης έργων αγαθών- κοιμήθηκε εν Κυρίφ με ειρήνη κατά τον 6ο μ.Χ. αιώνα. Η ανακομιδή του αποκάλυψε στην Εκκλησία του Χριστού ένα ουράνιο δώρο: Το άφθαρτο και θαυματουργό λείψανό του, που ευωδιάζει.
Όταν μετά από λίγα χρόνια η Μονή των Αιγυπτίων καταστράφηκε από πυρκαγιά (το 536 μ.Χ.) ο Όσιος Βάρας μετέφερε το ιερό σκήνωμα στην δική του Μονή του Τιμίου Προδρόμου της Πέτρας. Η Μονή αυτή και για τον ιδιαίτερο λόγο ότι φύλαγε το λείψανο του μεγάλου ασκητού απολάμβανε τον σεβασμό και την προστασία πολλών αυτοκρατόρων και αρχόντων.
Ο αρχικός βίος και τα πρώτα θαύματα του Οσίου Παταπίου γράφηκαν από δύο αγίους της Εκκλησίας μας: Τον Όσιο Συμεών τον Μεταφραστή (9 Νοεμβρίου) και τον Άγιο Ανδρέα τον Ιεροσολυμίτη (4 Ιουλίου), Αρχιεπίσκοπο Κρήτης και ποιητή του Μεγάλου Κανόνος.
Ύστερα από πολλούς αιώνες η Μονή της Πέτρας έτυχε της ιδιαίτερης προστασίας της αυτο- κράτειρας Ελένης Παλαιολογίνας, διότι εκεί ίδρυσε γηροκομείο με την επωνυμία «η Ελπίς των απηλπισμένων». Η αυτοκράτειρα αυτή ήταν θεοσεβής και φιλάνθρωπος και κατά τον φιλόσοφο Γεώργιο Πλήθωνα ή Γεμιστό διακρινόταν για την σωφροσύνη και δικαιοσύνη της. Στην νόμιμη ηλικία παντρεύτηκε τον αυτοκράτορα του Βυζαντίου Μανουήλ Β’ τον Παλαιολόγο. Απέκτησαν έξι τέκνα, δύο εκ των οποίων ανέβηκαν στον θρόνο τον Ιωάννη τον Η’ Παλαιολόγο και τον Κωνσταντίνο τον ΙΔ’ Παλαιολόγο, τον τελευταίο και μαρτυρικο αυτοκράτορα της Ρωμηοσύνης. Ο σύζυγός της κοιμήθηκε εν Κυρίω το 1425 ως μοναχός Ματθαίος. Η κουρά του έγινε 2 χρόνια πριν την κοίμησή του. Τότε εκείνη κατέφυγε στην Μονή της Κυρά-Μάρθας στην Βασιλεύουσα, όπου έγινε μοναχή με το όνομα «Υπομονή». Στο μοναστήρι αυτό έζησε 25 χρόνια και κοιμήθηκε εν Κυρίω με ειρήνη στις 13 Μαρτίου 1450. Μετά την πτώση της Κωνσταντινουπόλεως στις 29 Μαΐου 1453 ο Αγγελής Νοταράς -αδελφός του Λουκά Νοταρά του τελευταίου πρωθυπουργού της αυτοκρατορίας και εθνομάρτυρος, συγγενούς της μοναχής Υπομονης- άνθρωπος ευλαβής και πιστός, κατέφυγε με την οικογένεια του στην Ελλάδα. Ήρθε στην Πελοπόννησο κοντά στον εξάδελφό του Θωμά Παλαιολόγο, Δεσπότη του Μυστρά, ο οποίος του χάρισε κτήματα πολλά στην Κορινθία και ρίζωσε στα Τρίκαλα. Ήταν ανεψιός της Οσίας Υπομονής και παππούς του Γεωργίου Νοταρά, του μετέπειτα Αγίου Γερασίμου του νέου ασκητού στην Κεφαλλονιά. Ο τελευταίος μάλιστα είχε προστάτη και πρότυπο ασκητικό τον Όσιο Πατάπιο, τον οποίο προσκύνησε στο σπήλαιο των Γερανείων.
Ο Αγγελής Νοταράς λοιπόν μαζί με την οικογένεια και την κινητή του περιουσία έφερε στην Ελλάδα από την Μονή της Πέτρας (η οποία διαλύθηκε μετά το 1640 μ.Χ.) ως πολύτιμο θησαύρισμα το Ιερό σκήνωμα του Οσίου Παταπίου, που προστατευόταν με αυτοκρατορική εντολή, καθώς και την τιμία κάρα της θείας του Αγίας Υπομονής. Το ιερό του φορτίο το εναπέθεσε με τιμές στο σπήλαιο ασκητών στα Γεράνεια Όρη, το οποίο χρονολογείται πριν από τον ΙΔ’ αιώνα και είναι διαρρυθμισμένο σε ναό εδώ και εκατοντάδες χρόνια. Στο πέτρινο τέμπλο του ναού εικονίζονται στα δεξιά η Δέηση και στα αριστερά τρία άγια πρόσωπα από την Εκκλησία της Κωνσταντινουπόλεως: η Αγία Υπομονή, ο Άγιος Πατάπιος και ο Άγιος Νίκων ο Νέος (ο Ρώσος κατά την καταγωγή). Οι δύο ανδρικές αυτές μορφές συνοδεύονται από την επιγραφή «ο εν τω Ξηρώ όρει ασκήσας», που μας δείχνει με ακρίβεια τον κατάξερο και δυσπρόσιτο τόπο πού ασκήθηκαν: ο Πατάπιος στην περιφέρεια των Βλαχερνών και ο Νίκων ο Νέος στην Μονή της Πέτρας. Η αριστερή παράσταση συμπληρώνεται από την μορφή του Αγίου Υπατίου Γαγγρών που μαρτύρησε στον Ξηρόλοφο Κωνσταντινουπόλεως. Οι αγιογραφίες τελείωσαν και το άγιο λείψανο τάφηκε με εντολή του Αγγελή Νοταρά. Στην κοινή θέα παρέμεινε μόνο η τοιχογράφηση του σπηλαιώδους μικρού ναού σαν ένας δυσεπίλυτος γρίφος.
Αναφέρουμε εδώ ότι ο σπηλαιώδης αυτός ναός σκέπασε την πνευματική αναζήτηση κάποιων ασκητών αιώνες νωρίτερα και αποτέλεσε μέρος των «παραλαυρίων» του ονομαστού ασκητού και ποδηγέτη του Κιθαιρώνα, του οσίου Μελετίου του Νέου (1 Σεπτεμβρίου), που ήδη καθοδηγούσε τρεις χιλιάδες μοναχούς, οι όποιοι ασκήτευαν από τον Κιθαιρώνα και την περιφέρεια της Μεγαρικής ως τα Γεράνεια όρη.
Ο γρίφος των τοιχογραφιών λύθηκε μόλις στα 1904, όταν ανακαλύφθηκε το ιερό λείψανο. Αφορμή δόθηκε από τον υψηλόσωμο ιερέα Κωνσταντίνο Σουσάνη, ο όποιος αγαπούσε το σπήλαιο και πήγαινε εκεί με την συνοδεία του για να λειτουργήσει. Ως ψηλός όμως που ήταν, δυσκολευόταν πολύ στο ιερό και έπρεπε πάντοτε να σκύβει. Με την εντολή του ο Λουτρακιώτης μαρμαράς Βασίλης Πρωτοπαπάς ανέλαβε την διάνοιξη του Ιερού Βήματος καθώς και της δυτικής πλευράς των τοιχωμάτων του κυρίως ναού. Καθώς όμως έρριχνε τον δυτικό τοίχο απομακρύνοντας τα χώματα πού τον συγκρατούσαν, ο κασμάς του σφηνώθηκε. Προσπαθώντας να τον βγάλει από εκεί αποκαλύφθηκε το ευωδιάζον και ακέραιο σκήνωμα του Οσίου Παταπίου. Κέδρινη βάση το στήριζε στο κεφάλι και μαρμάρινη στα πόδια και καλυπτόταν με σειρά από κεραμίδια, ενώ έφερε πετραχήλι. Μέσα στον τάφο βρέθηκαν ακόμη ένας μικρός ξύλινος σταυρός ρωσικής τεχνοτροπίας, βυζαντινά νομίσματα διαφόρων εποχών και δερμάτινη μεμβράνη με το όνομα του Οσίου. Αργότερα βρέθηκε η κάρα της Αγίας Υπομονής και πολύ αργότερα ευωδιάζοντα οστά ασκητών του σπηλαίου καθώς ανακαινιζόταν ή βορεινή πλευρά του μικρού ναού. Η εύρεση του λειψάνου του Αγίου Παταπίου κατά την τρίτη της Διακαινησίμου του 1904 σήμανε την αρχή για τη δημιουργία της Μονής του η οποία ξεκίνησε το 1945 από τον αρχιμ. Νεκτάριο Μαρμαρινό. και με την εγκατάσταση της πρώτης μοναχής το 1952. Βάσει των παλαιοτέρων και νεοτέρων θαυμάτων του ο Όσιος Πατάπιος είναι προστάτης των καρκινοπαθών και των υδρωπικών.
